灭菌
    袋封好口后直接装入专用周转筐内，可以采用高压灭菌或常压灭菌，若无专用周转筐，用锅帘亦可。目的是袋之间不要挤压不要防碍水蒸气穿透，要达到无灭菌死角。常压灭菌锅在温度达102至105摄氏度之间时开始计时，一直维持8小时停火后再焖3—5小时，或焖一夜为好。高压灭菌时要求在1.5公斤每平方厘米压力以下，维持1.5小时。袋取出后，料温降到30摄氏度方可接菌。
    接种
    接种可在无菌室或无菌箱内操作。使用以前先用甲醛及高猛酸钾熏蒸，12—24小时侯再工作为好。然后用紫外线灯杀菌30分钟才可接种。接种可采用酒精灯火焰接菌、蒸汽接菌、干热风接菌器、负离子净化接菌器、超净工作台接菌，各取方便。每种方法都要严格按照无菌操作程序操作。每瓶二级菌种，可接菌袋40—50袋。接种前勿忘严格检查菌种质量。接种工具可用接菌勺或自制的接菌枪。
    培养
    这一步也叫养菌，接入菌种后的料袋也叫菌袋，菌袋培育期需50-60天，这期间的管理内容是：
    培养室消毒及放菌袋。培养室消毒前先安置好床架，可搭4—7层，视规模大小而定，层距不小于30厘米。床面可取任何材料，但表面一定要平整、光滑，避免刺破袋底部。灭菌方式与接种室消毒要求相同。排放菌袋时，不要用手提袋口，防止进入空气，造成污染。袋与袋之间不要挤压，造成变形。
    控制室温：接菌后1—15天为萌发期，前5天室温以26—28为宜，不超过32摄氏度，促进菌丝吃料，定殖，造成生长优势。形成表面菌层，减少杂菌入侵。6—15天室温调节在25—26摄氏度。培养15天之后，菌袋中菌丝以长入料内3厘米以上，此时菌丝生长旺盛，成分枝状，室温可降到23—24摄氏度，，促进菌丝健壮。
    湿度：菌丝培养室的温度对菌袋湿度能起到微调作用，室内相对湿度维持60—70%为好。
    光照与通风：室内在菌丝生长阶段一定要防光，窗门用草帘或布遮挡。室内安有钨灯在工作需要时用于照明。木耳是好气菌，发菌过程要求空气清新，根据实际室内空气情况，可以开小窗通风20分钟左右即行。
    经常检查菌袋情况，从培养第五天开始，每隔三天要检查一遍菌袋，随时移走污染的菌袋。如有少量霉菌，可以将袋中污染料挖出，加上新料重灭菌、接菌，如污染严重则必须隔离，不可挽救。